朱永官长期致力于环境土壤学研究，在聚焦我国经济快速发展中出现的土壤污染问题，遵循“格局-过程-机制-调控”的思路，在土壤-植物系统中污染物迁移转化机制、典型区域土壤污染特征与风险、复合污染效应及修复技术等方面取得了系统性的创新成果。